জামিয়া সাহবানিয়া দারুল উলূমের শিক্ষাপদ্ধতি দারুল উলূম দেওবন্দের সিলসিলাভুক্ত বেসরকারি কওমি নেসাবের পাশাপাশি বাংলা, গণিত, ইংরেজি, বিজ্ঞানসহ সাধারণ শিক্ষার সমন্বয়ে মোট ৩টি স্তরে বিভক্ত।
(১) মকতব ও নাযেরা বিভাগ, (২) হিফয বিভাগ, (৩) কিতাব বিভাগ।

মকতব, নাযেরা ও হিফয বিভাগে নুরানি পদ্ধতির পাঠদানের অনুসরণ করা হয়। তবে জেনারেল বিষয়ে বেফাকুল মাদারিসিল আরাবিয়ার (বাংলাদেশ) পাঠ্যবই পড়ানো হয়।

কিতাব বিভাগে ‘বেফাকুল মাদারিসিল আরাবিয়া বাংলাদেশ’ ও ‘বেফাকুল মাদারিসিল আরাবিয়া পাকিস্তান’ কর্তৃক প্রণীত সিলেবাসের অনুসরণ করা হয় এবং শিক্ষার্থীদের বাংলাদেশ বেফাকের অধীনে নির্ধারিত ক্লাসগুলোর পরীক্ষা দেওয়ানো হয়।